Όμως δεν ήταν τυχερό να ταξιδέψει πολλά χρόνια γιατί στις 30 Σεπτεμβρίου 1888 προσέκρουσε σε βράχια στο ακρωτήριο Καλόγερος της Σύρου. Η πυκνή ομίχλη και η απόφαση του Πλοιάρχου να μην ακολουθήσει πιο ασφαλή πορεία οδήγησαν στην απώλεια του σκάφους, ευτυχώς χωρίς ανθρώπινες απώλειες. Το ΒΥΖΑΝΤΙΟΝ ημιβυθίστηκε με την πλώρη τύπου κλίπερ και τα ιστία του να παραμένουν πάνω από την επιφάνεια όπως βλέπουμε σε αυτήν την απεικόνηση του Γ.Κουτσοβίλη.
vyzantio 2.jpg
Τις επόμενες μέρες έσπευσαν τα ατμόπλοια ΕΛΠΙΣ και ΕΡΜΟΥΠΟΛΙΣ της εταιρίας για να το ανελκύσουν αλλά οι συνθήκες δεν το επέτρεψαν και έτσι το ναυάγιο παρασύρθηκε σε βαθύτερα νερά.